Les premières mesures de protection du patrimoine ont été entreprises par Prosper Mérimée, donnant lieu à la première liste des Monument historiques classés en 1840. Mais la tâche est ardue et les autorités locales parfois réticentes. Un cadre juridique s’avère rapidement nécessaire et c’est en 1887 qu’est votée une première loi, complétée par le texte majeur de 1913. Ce dernier affirme la suprématie de l’intérêt public sur la propriété privée pour justifier le classement d’un bien meuble ou immeuble, et ce même sans le consentement de son propriétaire.

L’inventaire général, créé en 1964, à travers ses fonctions de recensement et d’étude, fournit des éléments d’analyse contribuant à cette mission de protection. Un exemple marquant est l’étude sur les canaux de la région Centre-Val de Loire. Conduite de 1994 à 2004, elle avait pour but d’inventorier le patrimoine des six canaux traversant la région afin, notamment, de proposer la protection raisonnée de leurs ouvrages d’art. L’étude a ainsi favorisé l’inscription de 12 sites comme le barrage mobile de Nitray sur le Cher canalisé (Athée-sur-Cher, Indre-et-Loire), l’échelle d’écluses de Moulin Brûlé sur le canal de Briare (Dammarie-sur-Loing, Loiret) ou  l’écluse de Buges sur le canal du Loing (Châlette-sur-Loing, Loiret).

De même, grâce aux travaux sur le patrimoine industriel du Berry, plusieurs édifices ont aussi été protégés tels l’usine métallurgique du  Fourneau, à La Guerche-sur-l’Aubois (Cher) en 1994 ou la halle et les logements ouvriers de Grossouvre en 1995 et 2004 (Indre). A titre d’exemple, le chercheur de l’inventaire général a proposé le classement des logements ouvriers car leur architecture reflétait des préoccupations hygiénistes très innovantes pour les années 1830.

Enfin, le service est membre de droit à la commission régionale du patrimoine et des sites, qui émet un avis sur toutes les demandes de protection.